تأسست الأكاديمية الكوبية للعلوم الأصلية تحت التاج الإسباني في 19 مايو 1861 باسم الأكاديمية الملكية للعلوم الطبية والفيزيائية والطبيعية في هافانا. في عام 1902 ، احتفظت الأكاديمية بهيكلها وتنظيمها ولكنها أسقطت من اسمها كلمة "ملكي" ، حيث بدأت تتصرف في بيئة جمهورية وطنية. في عام 1962 ، تم إنشاء لجنة وطنية لأكاديمية العلوم في كوبا ، تم منحها لأول مرة نطاقًا وطنيًا. في عام 1980 تمت ترقية الأكاديمية إلى رتبة وزارة ، وهي مسؤولة مركزياً عن جميع الأنشطة العلمية والتكنولوجية. في عام 1994 ، اندمج الهيكل الإداري للأكاديمية مع اللجنة الوطنية للبيئة والموارد الطبيعية ، والأمانة التنفيذية للشؤون النووية ، لتشكيل وزارة العلوم والتكنولوجيا والبيئة.
في أبريل 1996 ، تم إنشاء أكاديمية العلوم الكوبية (Academia de Ciencias de Cuba) بموجب القانون بطابعها الحالي كمؤسسة رسمية للدولة الكوبية ، ذات طابع مستقل واستشاري في المسائل العلمية.
تتمثل أهداف أكاديمية العلوم في تعزيز العلوم الكوبية ، ونشر التقدم العلمي الوطني والعالمي ، والاعتراف بمكانة البحث العلمي المتميز ، ورفع المعايير المهنية الأخلاقية والاعتراف الاجتماعي بالعلوم ، وتقوية الروابط بين العلماء و منظماتهم ، فيما بينهم ، مع المجتمع ككل ، ومع بقية العالم.
يوجد في الأكاديمية طاقم عمل محترف يدعم الهيئات الحاكمة في أداء مهامها. ينتمي الأكاديميون إلى أقسام الأكاديمية ، والتي يتم تنظيمها وفقًا لمجموعات من التخصصات العلمية: العلوم الطبية الحيوية ، وعلوم الزراعة ومصايد الأسماك ، والعلوم التقنية ، والعلوم الاجتماعية والإنسانية ، والعلوم الطبيعية الدقيقة.