L'Acadèmia de Ciències Cubana original va ser fundada sota la Corona espanyola el 19 de maig de 1861 com a Reial Acadèmia de Ciències Mèdiques, Físiques i Naturals de l'Havana. L'any 1902 l'Acadèmia va mantenir la seva estructura i organització però va abandonar el seu nom la paraula "Reial", ja que va començar a actuar en un entorn nacional republicà. L'any 1962 es va crear una Comissió Nacional per a l'Acadèmia de Ciències de Cuba, dotada per primera vegada d'un àmbit nacional. L'any 1980 l'Acadèmia va ser ascendida al rang de Ministeri, encarregada centralment de tota l'activitat científica i tecnològica. El 1994, l'estructura administrativa de l'Acadèmia es va fusionar amb la Comissió Nacional de Medi Ambient i Recursos Naturals, i la Secretaria Executiva d'Afers Nuclears, per formar el Ministeri de Ciència, Tecnologia i Medi Ambient.
L'abril de 1996 es va constituir per llei l'Acadèmia de Ciències de Cuba en el seu caràcter actual com a institució oficial de l'Estat cubà, amb caràcter independent i consultiu en matèria de ciència.
Els objectius de l'Acadèmia de Ciències són fomentar la ciència cubana, la difusió del progrés científic nacional i universal, el reconeixement del prestigi de la investigació científica d'excel·lència, elevar els estàndards ètics professionals i el reconeixement social de la ciència, i enfortir els vincles de científics i científics. les seves organitzacions, entre elles, amb la societat en general i amb la resta del món.
L'Acadèmia compta amb un equip professional que dóna suport als Òrgans de Govern en el compliment de les seves tasques. Els Acadèmics pertanyen a les Seccions de l'Acadèmia, que s'organitzen per grups de disciplines científiques: Ciències Biomèdiques, Ciències Agràries i Pesqueres, Ciències Tècniques, Ciències Socials i Humanitats, i Ciències Naturals i Exactes.