El Viceministeri de Ciència i Tecnologia (Viceministerio de Ciencia y Tecnología de El Salvador) es va crear el juny de 2009 per Decret Executiu (núm. 12, article 1) com a part del Ministeri d'Educació. Va ser creat per introduir la tecnologia educativa a les escoles del país i vincular la tecnologia, la científica, l'educació i la productivitat del país.
La seva missió és introduir l'activitat de ciència, tecnologia i innovació al país, contribuint a altres instàncies del Ministeri d'Educació, a dotar de capacitat professional per a la creació i utilització del coneixement; per seguir definint i elaborar la Política Nacional de Desenvolupament Científic i Tecnològic. Això es recolza en la consulta i la previsió tecnològica conjuntament amb altres ministeris, agències i plataformes institucionals nacionals; per permetre i facilitar el desenvolupament d'investigacions científiques, tecnològiques i d'innovació que incideixin de manera positiva i significativa en la qualitat de vida de la població salvadoreña.
En aquest sentit, s'estan desenvolupant accions encaminades a la introducció de les Tecnologies de la Informació i la Comunicació (TIC) com a eina en el procés docent –aprenentatge, implantació del focus de Ciència, Tecnologia i Innovació (CTI) a l'educació, atenció a l'alumnat. amb un rendiment excel·lent i una formació tècnica i tecnològica superior
En l'àmbit de la recerca, l'any 2010 es van crear dos centres de recerca: el Centre d'Investigació Científica d'El Salvador (CICES) i el Centre Nacional de Ciències Socials i Humanitats (CENISCH) i el Parc Tecnològic en l'agroempresa (PTA, 2013). i es preveu la creació d'un Parc Tecnològic en Ciències Exactes i Enginyeria. També s'ha constituït el Sistema Nacional d'Innovació, així com els instruments jurídics per al desenvolupament de la ciència, la tecnologia i la innovació: Llei de Desenvolupament Científic i Tecnològic, Política Nacional d'Innovació, Ciència i Tecnologia i Pla Nacional d'Agenda Científica i Tecnològica. S'han creat instruments per al govern del CTI, com el Comitè Interministerial de Ciència, Tecnologia i Innovació, i el Consell Assessor del Comitè Interministerial i Comissió de Coordinació del CTI.