Fundada el 1938, l'Acadèmia de Ciències d'Estònia és una acadèmia personal clàssica que es basa en el poder intel·lectual dels seus membres electes. L'Acadèmia de Ciències d'Estònia és una associació d'estudiosos i artistes de primer nivell amb compromís i responsabilitat per avançar en la investigació i representar la ciència estònia a nivell nacional i internacional.
La missió principal és ajudar a construir una societat basada en el coneixement, fomentant l'adaptació dels nous coneixements per al creixement econòmic i la millora de la qualitat de vida a Estònia. L'Acadèmia no només promou la ciència de frontera, sinó que també assessora habitualment el Parlament, el Govern de la República i les institucions estatals.
L'Acadèmia té el mandat de representar la ciència d'Estònia en consells internacionals i òrgans assessors com el Consell Internacional de la Ciència (ISC), l'Associació InterAcademia (IAP), la federació de totes les acadèmies europees (ALLEA), el Consell Assessor de Ciència de les Acadèmies Europees (EASAC) o el European Marine Board, i serveix com a organització cap de pont d'EURAXESS. A partir de l'01 de juliol de 2020, l'Acadèmia presideix el Fòrum Europeu d'Assessors Científics (ESAF) i des de l'1 de novembre de 2021 el Grup de membres europeus de l'ISC.
L'editorial Academy és la principal editorial de revistes internacionals revisades per parells a Estònia. La cartera actual inclou una revista única d'investigació de l'esquist bituminós i cobreix totes les àrees clau de la ciència contemporània, així com la investigació que aborda el nucli de la cultura i la història d'Estònia.