Institut Indonesi de Ciències (LIPI) es va iniciar a principis del segle XVI, amb l'estudi de Rumphius sobre la flora indonèsia. El 16, Reinwardt va establir Land's Plantentuin, un jardí botànic a Bogor, al sud de Jakarta. El 1817, el govern de les Índies Holandeses va fundar el Consell de Ciències Naturals dels Països Baixos-Índies. El Consell de Ciència d'Indonèsia o Majelis Ilmu Pengetahuan Indonesia (MIPI) es va fundar el 1928. Dotze anys més tard, el 1956, el LIPI, l'Institut de Ciències d'Indonèsia, va assumir la tasca del Consell.
LIPI depèn directament del president de la República d'Indonèsia. Les seves principals tasques són ajudar el president a organitzar la investigació i el desenvolupament, proporcionar orientació i serveis en ciència i tecnologia i assessorar el govern sobre la política nacional de ciència i tecnologia.
Les funcions de LIPI són: 1) dur a terme recerca i desenvolupament de la ciència i la tecnologia; 2) proporcionar orientació sobre el desenvolupament de la ciència i la tecnologia; 3) fomentar i desenvolupar la consciència científica entre el poble indonesi; 4) fomentar i desenvolupar la comunitat científica; 5) desenvolupar la cooperació amb organismes científics nacionals i internacionals d'acord amb les lleis i reglaments vigents; 6) proporcionar serveis relacionats amb la ciència i la tecnologia, i 7) assessorar el govern sobre la formulació de la política nacional de ciència i tecnologia.
LIPI dóna feina a 4,668 persones, entre elles 909 investigadors en 18 centres d'investigació i desenvolupament i un Centre de Documentació i Informació Científica sota quatre diputacions: Ciències Socials i Humanitats, Ciències Naturals, Ciències de l'Enginyeria, Desenvolupament d'Infraestructura Científica i Afers Generals.
El setembre de 2021, LIPI es va fusionar amb l'Agència Nacional de Recerca i Innovació Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN).