SCJ es va establir l'any 1949 com una "organització especial" sota la jurisdicció del primer ministre, que funciona amb independència del govern, amb el propòsit de promoure i millorar el camp de la ciència, i que la ciència es reflecteixi i s'impregni en l'administració, les indústries i les persones. vides.
Representa els científics japonesos tant a nivell nacional com internacional amb les seves dues funcions: deliberar sobre qüestions importants relacionades amb la ciència i ajudar a resoldre aquests problemes, i; Fer coordinació entre els estudis científics per aconseguir una major eficiència.
Per tal d'assolir els seus objectius, SCJ s'ha centrat en les quatre activitats següents: Recomanacions polítiques al govern i al públic; Activitats internacionals; Promoció de l'alfabetització científica, i; Establiment de xarxes entre científics.
Amb els seus 210 membres del Consell i uns 2000 membres d'una àmplia gamma d'àmbits que abasten les humanitats i les ciències socials, les ciències de la vida, així com les ciències físiques i l'enginyeria, SCJ desenvolupa les seves activitats des d'una perspectiva universal i un punt de vista integral i polifacètic. per a la solidesa de la ciència i la societat humana i el benestar de tota la humanitat.