La National Research Foundation (NRF), que va ser instituïda per una llei del Parlament el 1999, administra el Secretariat de l'ISC de Sud-àfrica com a part de les seves responsabilitats d'enllaç científic. La missió de la NRF és garantir l'oferta assequible i equilibrada de recursos humans i experiència en ciència, enginyeria i tecnologia mitjançant el suport de la investigació i l'educació per al creixement econòmic i l'avenç social de la nació.
El NRF ofereix suport i subvencions per a investigació, desenvolupament d'expertesa, educació, formació, investigació cooperativa, beques, enllaç científic nacional i internacional, i administra cinc instal·lacions de recerca nacionals: Themba Laboratory for Accelerator Based Sciences (abans National Accelerator Center), SA Astronomical. Observatori, Observatori d'Astronomia de Ràdio Hartebeesthoek, Institut Sud-africà per a la Biodiversitat Aquàtica (abans Institut JLB Smith d'Ictiologia) i Observatori Magnètic Hermanus. Per una recent proclamació ministerial mitjançant un avís al Butlletí del Govern, la Fundació per a l'Educació, la Ciència i la Tecnologia es va incorporar al NRF. Les activitats de l'ISC a Sud-àfrica es coordinen a través de la Junta Nacional de l'ISC de Sud-àfrica i els Comitès Nacionals, que al seu torn fan recomanacions a la NRF, altres organitzacions de recerca, universitats, societats científiques i departaments governamentals.