La Pontifícia Acadèmia de les Ciències va néixer l'any 1603 com a Linceorum Academia, es va reorganitzar el 1847 com a Pontificia Academia dei Nuovi Lincei i va ser reconstituïda amb el seu nom actual pel Papa Pius XI el 1936. El seu objectiu és promoure el progrés de la matemàtica i la física. i les ciències naturals i l'estudi de problemes epistemològics relacionats. El seu treball és d'abast internacional i la seva pertinença a 80 Acadèmics Pontificis és mundial i no sectari.
L'Acadèmia celebra sessions plenàries i organitza setmanes d'estudi i grups de treball relacionats amb temes de ciència fonamental, problemes globals, política científica i bioètica. A més, l'Acadèmia publica les Actes de les seves pròpies reunions, i els resultats de la investigació científica i els estudis dels Acadèmics i altres científics. Atorga la Medalla Pius XI a joves científics destacats.