El Consell Nacional d'Investigacions Científiques i Tecnològiques (Fondo Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación – FONACIT), creat l'any 1967, és una institució autònoma amb l'objectiu de promoure processos d'innovació mitjançant el desenvolupament de la investigació científica i tecnològica i la construcció d'un Sistema Nacional d'Innovació (INS). Els seus programes inclouen la recerca bàsica i aplicada, la formació de recursos humans, la creació i enfortiment de sistemes d'informació, la inducció de canvis en l'estructura de les relacions dels agents de l'INS i la promoció de vincles amb la resta del món per tal de afavorir la participació dels agents de l'INS en programes internacionals.
El Consell també formula la política política del Sistema Nacional d'Innovació, òrgan assessor de l'Executiu Nacional, i coordina les actuacions amb els organismes públics i privats d'àmbit nacional en diferents àmbits de la ciència, la tecnologia i la innovació.