Post lia PhD en Geografio ĉe la Universitato de Marburg (Germanio), la kariero de Jan Marco Müller inkludis poziciojn en esploradministrado ĉe la Helmholtz Center for Environmental Research (UFZ) En Leipzig (Germanio), la antaŭa JRC Instituto por Medio kaj Daŭripovo (IES) en Ispra (Italio) kaj la UK Center for Ecology & Hydrology (UKCEH) en Wallingford (UK).
Post esti Asistanto de la Ĝenerala Direktoro de la Komuna Esplorcentro JRC de la Eŭropa Komisiono en Bruselo (2009-2012), li administris la oficejon de la unua Ĉefa Scienca Konsilanto de la Prezidanto de la Eŭropa Komisiono (2012-2015) kaj poste helpis. starigi la nunan Sciencan Konsilan Mekanismon de la Komisiono. 2017-2020 li laboris por la Internacia Instituto por Aplikataj Sistemoj-Analizo (IIASA) en Vieno (Aŭstrio) kiel Kunordiganto por Scienca Diplomatio, Estro de la Direkcio-Oficejo kaj Aganta Ĉefa Operacia Oficiro.
2020-2022 li funkciis kiel la unua Scienca & Teknologia Konsilisto de la Eŭropa Ekstera Agado-Servo (EEAS), antaŭ aliĝi al DG Esplorado kaj Novigado kiel Kunordiganto por Scienca Diplomatio kaj Plurflankaj Rilatoj, kie li nuntempe kontrolas la evoluon de eŭropa kadro por scienca diplomatio. .