El Viceministerio de Ciencia y Tecnología fue creado en junio de 2009 mediante Decreto Ejecutivo (No 12, Art. 1) como parte del Ministerio de Educación. Fue creado para introducir tecnología educativa en las escuelas del país y vincular lo tecnológico, científico, educativo y productivo del país.
Su misión es introducir la actividad para la ciencia, la tecnología y la innovación en el país, contribuyendo con otras instancias del Ministerio de Educación, a brindar capacidad profesional para la creación y uso del conocimiento; seguir definiendo y elaborando la Política Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico. Esto se apoya en consultas y pronósticos tecnológicos en conjunto con otros Ministerios, agencias y plataformas institucionales nacionales; Permitir y facilitar el desarrollo de investigaciones científicas, tecnológicas y de innovación que impacten positiva y significativamente en la calidad de vida de la población salvadoreña.
En este sentido, se están desarrollando acciones encaminadas a la introducción de las Tecnologías de la Información y la Comunicación (TIC) como herramienta en el proceso docente - aprendizaje, introducción del enfoque de Ciencia, Tecnología e Innovación (CTI) en la educación, atención al alumnado con desempeño sobresaliente y educación técnica y tecnológica superior
En el área de investigación, en 2010 se crearon dos centros de investigación: el Centro de Investigaciones Científicas de El Salvador (CICES) y el Centro Nacional de Ciencias Sociales y Humanidades (CENISCH) y se crearon el Parque Tecnológico en agroindustria (PTA, 2013) y está prevista la creación de un Parque Tecnológico en Ciencias Exactas e Ingeniería. También se ha conformado el Sistema Nacional de Innovación, así como los instrumentos legales para el desarrollo de la ciencia, la tecnología y la innovación: Ley de Desarrollo Científico y Tecnológico, Política Nacional de Innovación, Ciencia y Tecnología y Plan Nacional de Agenda Científica y Tecnológica. Se han creado instrumentos para la gobernanza de la CTI, como el Comité Interministerial de Ciencia, Tecnología e Innovación, y el Consejo Asesor del Comité Interministerial y Comité de Coordinación de la CTI.