El Instituto de Ciencias de Indonesia (LIPI) se inició a principios del siglo XVI, con el estudio de Rumphius sobre la flora de Indonesia. En 16, Reinwardt estableció Land's Plantentuin, un jardín botánico en Bogor, al sur de Yakarta. En 1817, el gobierno de las Indias Holandesas fundó el Consejo de Ciencias Naturales de las Indias Holandesas. El Consejo de Ciencias de Indonesia o Majelis Ilmu Pengetahuan Indonesia (MIPI) fue fundado en 1928. Doce años más tarde, en 1956, LIPI, el Instituto de Ciencias de Indonesia, asumió la tarea del Consejo.
LIPI depende directamente del Presidente de la República de Indonesia. Sus principales tareas son ayudar al presidente en la organización de la investigación y el desarrollo, proporcionar orientación y servicios en ciencia y tecnología, y asesorar al gobierno sobre la política nacional de ciencia y tecnología.
Las funciones de LIPI son: 1) realizar investigación y desarrollo de ciencia y tecnología; 2) proporcionar orientación sobre el desarrollo de la ciencia y la tecnología; 3) fomentar y desarrollar la conciencia científica entre el pueblo indonesio; 4) estimular y desarrollar la comunidad científica; 5) desarrollar la cooperación con organismos científicos nacionales e internacionales de acuerdo con las leyes y reglamentos vigentes; 6) brindar servicios relacionados con la ciencia y la tecnología, y 7) asesorar al gobierno en la formulación de la política nacional de ciencia y tecnología.
LIPI emplea a 4,668 personas, incluidos 909 investigadores en 18 centros de investigación y desarrollo y un Centro de Documentación e Información Científica bajo cuatro diputados: Ciencias Sociales y Humanidades, Ciencias Naturales, Ciencias de la Ingeniería, Desarrollo de Infraestructura Científica y Asuntos Generales.
En septiembre de 2021, LIPI se fusionó con la Agencia Nacional de Investigación e Innovación Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN).