La National Research Foundation (NRF), que fue instituida por una ley del Parlamento en 1999, administra la Secretaría del ISC de Sudáfrica como parte de sus responsabilidades de enlace científico. La misión de la NRF es garantizar la provisión asequible y equilibrada de recursos humanos y experiencia en ciencia, ingeniería y tecnología a través del apoyo de la investigación y la educación para el crecimiento económico y el avance social de la nación.
El NRF brinda apoyo y subvenciones para investigación, desarrollo de experiencia, educación, capacitación, investigación cooperativa, becas, enlace científico nacional e internacional, y administra cinco instalaciones nacionales de investigación: Laboratorio Themba de Ciencias Basadas en Aceleradores (anteriormente Centro Nacional de Aceleradores), SA Astronomical Observatorio, Observatorio de Radioastronomía Hartebeesthoek, Instituto Sudafricano de Biodiversidad Acuática (anteriormente Instituto de Ictiología JLB Smith) y Observatorio Magnético Hermanus. Según una reciente proclamación ministerial a modo de aviso en la Gaceta del Gobierno, la Fundación para la Educación, la Ciencia y la Tecnología se incorporó al NRF. Las actividades de ISC en Sudáfrica se coordinan a través de la Junta Nacional de ISC de Sudáfrica y los Comités Nacionales, que a su vez hacen recomendaciones a la NRF, otras organizaciones de investigación, universidades, sociedades científicas y departamentos gubernamentales.