Tras su doctorado en Geografía en la Universidad de Marburg (Alemania), la carrera de Jan Marco Müller incluyó puestos en gestión de investigación en el Centro Helmholtz de Investigación Ambiental (UFZ) en Leipzig (Alemania), el antiguo Instituto de Medio Ambiente y Sostenibilidad (IES) del JRC. en Ispra (Italia) y el Centro de Ecología e Hidrología del Reino Unido (UKCEH) en Wallingford (Reino Unido).
Tras ser asistente del director general del Centro Común de Investigación JRC de la Comisión Europea en Bruselas (2009-2012), dirigió la oficina del primer asesor científico jefe del presidente de la Comisión Europea (2012-2015) y luego ayudó la creación del actual Mecanismo de Asesoramiento Científico de la Comisión. 2017-2020 trabajó para el Instituto Internacional de Análisis de Sistemas Aplicados (IIASA) en Viena (Austria) como Coordinador de Diplomacia Científica, Jefe de la Oficina de la Dirección y Director de Operaciones en funciones.
2020-2022 fue el primer Asesor de Ciencia y Tecnología del Servicio Europeo de Acción Exterior (SEAE), antes de incorporarse a la DG Investigación e Innovación como Coordinador de Diplomacia Científica y Relaciones Multilaterales, donde actualmente supervisa el desarrollo de un marco europeo para la diplomacia científica. .