Algne Kuuba Teaduste Akadeemia asutati Hispaania krooni alluvuses 19. mail 1861 Havanna Kuningliku Meditsiini-, Füüsika- ja Loodusteaduste Akadeemiana. 1902. aastal säilitas akadeemia oma struktuuri ja organisatsiooni, kuid kaotas oma nimest sõna "kuninglik", kuna asus tegutsema rahvusvabariiklikus keskkonnas. 1962. aastal loodi Kuuba Teaduste Akadeemia riiklik komisjon, mis sai esmakordselt riikliku ulatusega. 1980. aastal ülendati Akadeemia ministeeriumiks, kes vastutab keskselt kogu teaduse ja tehnoloogia tegevuse eest. 1994. aastal liideti akadeemia haldusstruktuur riikliku keskkonna- ja loodusvarade komisjoni ning tuumaküsimuste täitevsekretariaadiga, moodustades teaduse, tehnoloogia ja keskkonnaministeeriumi.
1996. aasta aprillis asutati seadusega Kuuba Teaduste Akadeemia (Academia de Ciencias de Cuba), mis on praegusel kujul Kuuba riigi ametlik institutsioon, millel on teadusküsimustes sõltumatu ja nõuandev iseloom.
Teaduste Akadeemia eesmärkideks on edendada Kuuba teadust, levitada rahvuslikku ja universaalset teaduslikku progressi, tunnustada kõrgetasemelise teadusliku uurimistöö prestiiži, tõsta teaduse eetilisi kutsestandardeid ja sotsiaalset tunnustust ning tugevdada teadlaste ja teadlaste sidemeid. oma organisatsioonid omavahel, ühiskonnaga laiemalt ja muu maailmaga.
Akadeemial on professionaalne personal, kes toetab juhtorganeid nende ülesannete täitmisel. Akadeemikud kuuluvad Akadeemia sektsioonidesse, mis on organiseeritud teadusharude rühmade järgi: biomeditsiiniteadused, põllumajandus- ja kalandusteadused, tehnikateadused, sotsiaal- ja humanitaarteadused ning loodus- ja täppisteadused.