Indoneesia Teaduste Instituut (LIPI) algatati 16. sajandi alguses Rumphiuse uurimisega Indoneesia taimestiku kohta. 1817. aastal rajas Reinwardt Jakarta lõunaosas Bogoris botaanikaaia Land's Plantentuin. 1928. aastal asutas Hollandi-India valitsus Hollandi-India loodusteaduste nõukogu. Indoneesia teadusnõukogu ehk Majelis Ilmu Pengetahuan Indonesia (MIPI) asutati 1956. aastal. Kaksteist aastat hiljem, 1967. aastal, võttis nõukogu ülesanded üle Indoneesia Teaduste Instituut LIPI.
LIPI allub otse Indoneesia Vabariigi presidendile. Selle põhiülesanneteks on abistada presidenti teadus- ja arendustegevuse korraldamisel, juhendada ja osutada teenuseid teaduse ja tehnoloogia vallas ning nõustada valitsust riikliku teadus- ja tehnoloogiapoliitika vallas.
LIPI ülesanded on: 1) teadus- ja tehnoloogiaalase uurimis- ja arendustegevuse läbiviimine; 2) juhendab teaduse ja tehnoloogia arengut; 3) julgustada ja arendada Indoneesia inimeste teadusteadlikkust; 4) julgustada ja arendada teadlaskonda; 5) arendab koostööd riiklike ja rahvusvaheliste teadusasutustega vastavalt kehtivatele seadustele ja määrustele; 6) osutab teaduse ja tehnoloogiaga seotud teenuseid ning 7) nõustab valitsust riikliku teadus- ja tehnoloogiapoliitika kujundamisel.
LIPI-s töötab 4,668 töötajat, sealhulgas 909 teadlast 18 teadus- ja arenduskeskuses ning teadusdokumentatsiooni ja teabe keskuses nelja asetäitja all: sotsiaal- ja humanitaarteadused, loodusteadused, tehnikateadused, teadustaristu arendamine ja üldasjad.
2021. aasta septembris liideti LIPI riikliku teadus- ja innovatsiooniagentuuriga Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN).