Les membres du CIUS, académies ou organisations des sciences de 104 pays et 30 unions scientifiques internationales, ont élu Bréchignac lors de leur Assemblée générale triennale, qui s'est tenue à Suzhou, en Chine, du 19 au 21 octobre. Elle prendra officiellement le poste de Présidente élue en avril 2007 et succèdera à l'actuel Président de l'ICSU, Goverdhan Mehta (Chimie, Inde), en octobre 2008. Elle ne sera que la deuxième femme scientifique, après Jane Lubchenco (Marine Ecology , USA, 2003-2005) et le deuxième scientifique français à être sélectionné par ses pairs pour ce rôle de leadership. En effet, alors que l'ICSU célèbre son 75e anniversaire en 2006, l'engagement de la France en faveur de la science internationale remonte à la toute première Assemblée générale de 1931, au cours de laquelle l'éminent mathématicien français Charles-Emile Picard a joué un rôle central.
« L'ICSU est la première organisation scientifique non gouvernementale représentant le monde entier. Sa mission – renforcer la science internationale au profit de la société – est extrêmement importante. Il y a eu un véritable engouement pour la nouvelle stratégie de l'ICSU 2006-2011 qui a été débattue et approuvée à l'unanimité à Suzhou. Cela comprend de nouvelles initiatives interdisciplinaires ambitieuses sur la recherche polaire, les risques naturels, l'accès aux données scientifiques et la liberté et la responsabilité en science. Je suis honoré et ravi d'être élu futur président de l'ICSU alors qu'il relève certains des principaux défis scientifiques du 21e siècle », a déclaré Brechignac.