Le SCJ a été créé en 1949 en tant qu'« organisation spéciale » sous la juridiction du Premier ministre, opérant indépendamment du gouvernement, dans le but de promouvoir et d'améliorer le domaine de la science, et d'avoir la science reflétée et pénétrée dans l'administration, les industries et les gens. des vies.
Il représente les scientifiques japonais tant au niveau national qu'international avec ses deux fonctions : Délibérer sur des questions importantes concernant la science et aider à résoudre ces problèmes, et ; Pour faire la coordination entre les études scientifiques pour atteindre une plus grande efficacité.
Afin d'atteindre ses objectifs, le SCJ s'est concentré sur les quatre activités suivantes : Recommandations politiques au gouvernement et au public ; Activités internationales; Promotion de la culture scientifique, et ; Création de réseaux entre scientifiques.
Avec ses 210 membres du Conseil et quelque 2000 membres issus d'un large éventail de domaines couvrant les sciences humaines et sociales, les sciences de la vie, ainsi que les sciences physiques et l'ingénierie, SCJ mène ses activités dans une perspective universelle et d'un point de vue global et multiforme. pour la solidité de la science et de la société humaine et le bien-être de toute l'humanité.