Le ministère met en œuvre la politique de l'État en matière d'enseignement supérieur et de recherche scientifique.
En particulier, il est chargé de fournir aux Malgaches les connaissances et savoir-faire fondamentaux qui leur assurent, au niveau national, des conditions de vie décentes et dignes et les rendent compétitifs à l'échelle mondiale.
Les Centres/Instituts de Recherche et Institutions de Formation suivants sont placés sous l'autorité technique et administrative du Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique :
Le Centre National de Recherche Appliquée au Développement Rural (FOFIFA), Le Centre National d'Application des Recherches Pharmaceutiques (CNARP), Le Centre National de Recherches Océanographiques (CNRO), Le Centre National de Recherches Industrielle et Technologique (CNRIT), Le Centre National de Recherches sur l'Environnement (CNRE), Le Centre d'Information et de Documentation Scientifique et Technique (CIDST), L'Institut Malgache de Vaccins Vétérinaires (IMVAVET), Les Universités, Les Instituts Supérieurs de Technologie (IST), L 'Institut National des Sciences et Techniques Nucléaires (INSTN), Le Centre National de l'Enseignement de la Langue Anglaise (CNELA), Le Centre National de Télé-Enseignement de Madagascar (CNTEMAD), Le Parc Botanique et Zoologique de Tsimbazaza (PBZT) .