La National Research Foundation (NRF), qui a été instituée par une loi du Parlement en 1999, administre le secrétariat sud-africain de l'ISC dans le cadre de ses responsabilités de liaison scientifique. La mission de la NRF est d'assurer la fourniture abordable et équilibrée de ressources humaines et d'expertise en science, ingénierie et technologie grâce au soutien de la recherche et de l'éducation pour la croissance économique et le progrès social de la nation.
La NRF fournit un soutien et des subventions pour la recherche, le développement de l'expertise, l'éducation, la formation, la recherche coopérative, les bourses, la liaison scientifique nationale et internationale, et administre cinq installations de recherche nationales - Themba Laboratory for Accelerator Based Sciences (anciennement le National Accelerator Centre), SA Astronomical Observatoire, Hartebeesthoek Radio Astronomy Observatory, South African Institute for Aquatic Biodiversity (anciennement JLB Smith Institute of Ichthyology) et Hermanus Magnetic Observatory. Par proclamation ministérielle récente par voie d'avis dans la Gazette du gouvernement, la Fondation pour l'éducation, la science et la technologie a été incorporée dans la NRF. Les activités de l'ISC en Afrique du Sud sont coordonnées par le Conseil national de l'ISC d'Afrique du Sud et les comités nationaux, qui à leur tour font des recommandations à la NRF, à d'autres organisations de recherche, aux universités, aux sociétés scientifiques et aux départements gouvernementaux.