Après son doctorat en géographie à l'Université de Marburg (Allemagne), la carrière de Jan Marco Müller a inclus des postes dans la gestion de la recherche au Centre Helmholtz pour la recherche environnementale (UFZ) à Leipzig (Allemagne), l'ancien Institut du CCR pour l'environnement et la durabilité (IES) à Ispra (Italie) et au UK Centre for Ecology & Hydrology (UKCEH) à Wallingford (Royaume-Uni).
Après avoir été assistant du directeur général du Centre commun de recherche JRC de la Commission européenne à Bruxelles (2009-2012), il a dirigé le bureau du premier conseiller scientifique en chef du président de la Commission européenne (2012-2015), puis a contribué la mise en place de l'actuel mécanisme de conseil scientifique de la Commission. De 2017 à 2020, il a travaillé pour l'Institut international d'analyse des systèmes appliqués (IIASA) à Vienne (Autriche) en tant que coordinateur de la diplomatie scientifique, chef du bureau de direction et directeur des opérations par intérim.
De 2020 à 2022, il a été premier conseiller scientifique et technologique du Service européen pour l'action extérieure (SEAE), avant de rejoindre la DG Recherche et innovation en tant que coordinateur de la diplomatie scientifique et des relations multilatérales, où il supervise actuellement le développement d'un cadre européen pour la diplomatie scientifique. .