La vision du Conseil est de faire progresser la science en tant que bien public mondial. Les connaissances, les données et l'expertise scientifiques doivent être universellement accessibles et leurs avantages partagés universellement. La pratique de la science doit être inclusive et équitable, ainsi que des opportunités d'éducation scientifique et de développement des capacités.
La mission du Conseil scientifique international est d'être la voix mondiale de la science ; une voix de confiance qui parle de la valeur de toute la science en :
1. Promouvoir la recherche et l'érudition internationales sur les principaux défis mondiaux
2. Accroître la compréhension et la prise de décision fondées sur des données probantes à tous les niveaux de la politique publique, du discours et de l'action
3. Promouvoir l'avancement continu et égal de la rigueur, de la créativité et de la pertinence scientifiques dans toutes les régions du monde
4. Protéger la liberté scientifique et défendre les principes d'une pratique scientifique responsable
Le Conseil réunit l'expertise scientifique et les ressources nécessaires pour diriger, catalyser, incuber et coordonner une action internationale percutante sur des questions d'importance scientifique et publique majeure.
Le Conseil est dirigé par un conseil d'administration international qui assure la direction scientifique et stratégique de l'organisation, et est conseillé sur les aspects clés de son travail par un certain nombre d'organes consultatifs. Le siège mondial du Conseil est situé à Paris, en France. L'ISC a actuellement des bureaux régionaux basés en Afrique, en Asie et dans le Pacifique, et en Amérique latine et dans les Caraïbes. Une assemblée générale de tous les membres est convoquée tous les trois ans.