L'originale Accademia cubana delle scienze fu fondata sotto la corona spagnola il 19 maggio 1861 come Accademia reale di scienze mediche, fisiche e naturali dell'Avana. Nel 1902 l'Accademia mantenne la sua struttura e organizzazione, ma abbandonò il suo nome la parola "Reale", poiché iniziò ad agire in un ambiente repubblicano nazionale. Nel 1962 fu creata una Commissione Nazionale per l'Accademia delle Scienze di Cuba, dotata per la prima volta di portata nazionale. Nel 1980 l'Accademia è stata promossa al rango di Ministero, responsabile centrale di tutte le attività scientifiche e tecnologiche. Nel 1994, la struttura amministrativa dell'Accademia si è fusa con la Commissione nazionale per l'ambiente e le risorse naturali e il Segretariato esecutivo per gli affari nucleari, per formare il Ministero della scienza, della tecnologia e dell'ambiente.
Nell'aprile 1996, l'Accademia delle Scienze di Cuba (Academia de Ciencias de Cuba) è stata istituita per legge nel suo attuale carattere di istituzione ufficiale dello Stato cubano, con carattere indipendente e consultivo in materia di scienza.
Gli obiettivi dell'Accademia delle Scienze sono promuovere la scienza cubana, la diffusione del progresso scientifico nazionale e universale, il riconoscimento del prestigio per la ricerca scientifica di eccellenza, elevare gli standard professionali etici e il riconoscimento sociale della scienza e rafforzare i legami tra scienziati e le loro organizzazioni, tra di loro, con la società in generale e con il resto del mondo.
L'Accademia dispone di uno staff professionale che supporta gli Organi Direttivi nell'adempimento dei loro compiti. Gli Accademici appartengono alle Sezioni dell'Accademia, che sono organizzate secondo gruppi di discipline scientifiche: Scienze Biomediche, Scienze Agrarie e della Pesca, Scienze Tecniche, Scienze Sociali e Umanistiche, Scienze Naturali ed Esatte.