Il Viceministero della Scienza e della Tecnologia (Viceministerio de Ciencia y Tecnología de El Salvador) è stato creato nel giugno 2009 con decreto esecutivo (n. 12, articolo 1) come parte del Ministero dell'Istruzione. È stato creato per introdurre la tecnologia educativa nelle scuole del paese e collegare la tecnologia, la scienza, l'istruzione e la produttività nel paese.
La sua missione è quella di introdurre attività per la scienza, la tecnologia e l'innovazione nel paese, contribuendo ad altre istanze del Ministero dell'Istruzione, a fornire capacità professionali per la creazione e l'uso della conoscenza; definire ed elaborare ulteriormente la Politica Nazionale per lo Sviluppo Scientifico e Tecnologico. Ciò è supportato da consultazioni e previsioni tecnologiche in collaborazione con altri Ministeri, agenzie e piattaforme istituzionali nazionali; consentire e facilitare lo sviluppo della ricerca scientifica, tecnologica e dell'innovazione che incida positivamente e significativamente sulla qualità della vita della popolazione salvadoregna.
In questo senso si stanno sviluppando azioni finalizzate all'introduzione delle Tecnologie dell'Informazione e della Comunicazione (ICT) come strumento nel processo didattico – apprendimento, introduzione del focus su Scienza, Tecnologia e Innovazione (CTI) nell'istruzione, attenzione agli studenti con prestazioni eccezionali e formazione tecnica e tecnologica superiore
Nell'area della ricerca, nel 2010, sono stati creati due centri di ricerca: il Centro di ricerca scientifica di El Salvador (CICES) e il Centro nazionale per le scienze sociali e umane (CENISCH) e il Parco tecnologico nell'agrobusiness (PTA, 2013) ed è prevista la realizzazione di un Parco Tecnologico in Scienze e Ingegneria Esatte. È stato inoltre costituito il Sistema nazionale dell'innovazione, nonché gli strumenti giuridici per lo sviluppo della scienza, della tecnologia e dell'innovazione: Legge sullo sviluppo scientifico e tecnologico, Politica nazionale per l'innovazione, Scienza e tecnologia e Piano nazionale per l'agenda scientifica e tecnologica. Sono stati creati strumenti per la governance della CTI, come il Comitato Interministeriale per la Scienza, la Tecnologia e l'Innovazione, e il Consiglio Consultivo del Comitato Interministeriale e il Comitato di Coordinamento di CTI.