Fondata nel 1938, l'Accademia delle scienze estone è una classica accademia personale che si basa sul potere intellettuale dei suoi membri eletti. L'Accademia delle scienze estone è un'associazione di studiosi e artisti di alto livello con l'impegno e la responsabilità di far progredire la ricerca e rappresentare la scienza estone a livello nazionale e internazionale.
La missione principale è quella di aiutare a costruire una società basata sulla conoscenza, favorendo l'adattamento delle nuove conoscenze per la crescita economica e il miglioramento della qualità della vita in Estonia. L'Accademia non solo promuove la scienza di frontiera, ma consiglia regolarmente anche il Parlamento, il governo della Repubblica e le istituzioni statali.
L'Accademia ha il mandato di rappresentare la scienza estone nei consigli internazionali e negli organi consultivi come l'International Science Council (ISC), l'InterAcademy Partnership (IAP), la federazione di All European Academies (ALLEA), il European Academies Science Advisory Council (EASAC) o il European Marine Board e funge da organizzazione testa di ponte di EURAXESS. Dal 01° luglio 2020 l'Accademia presiede l'European Science Advisors' Forum (ESAF) e dal 1° novembre 2021 il Gruppo membri europei ISC.
La casa editrice di Academy è il principale editore di riviste internazionali peer-reviewed in Estonia. L'attuale portafoglio comprende una rivista unica di ricerca sugli scisti bituminosi e copre tutte le aree chiave della scienza contemporanea, nonché la ricerca che affronta il nucleo della cultura e della storia estone.