L'Istituto indonesiano delle scienze (LIPI) è stato avviato all'inizio del XVI secolo, con lo studio di Rumphius sulla flora indonesiana. Nel 16, Reinwardt fondò Land's Plantentuin, un giardino botanico a Bogor, a sud di Giacarta. Nel 1817, il governo delle Indie Olandesi fondò il Consiglio delle Indie Olandesi per le Scienze Naturali. Il Consiglio per la Scienza dell'Indonesia o Majelis Ilmu Pengetahuan Indonesia (MIPI) è stato fondato nel 1928. Dodici anni dopo, nel 1956, il LIPI, l'Istituto indonesiano delle scienze, ha assunto il compito del Consiglio.
La LIPI risponde direttamente al Presidente della Repubblica dell'Indonesia. I suoi compiti principali sono assistere il Presidente nell'organizzazione di ricerca e sviluppo, fornire orientamento e servizi nel campo della scienza e della tecnologia e consigliare il governo sulla politica scientifica e tecnologica nazionale.
Le funzioni della LIPI sono: 1) condurre attività di ricerca e sviluppo della scienza e della tecnologia; 2) fornire indicazioni sullo sviluppo della scienza e della tecnologia; 3) incoraggiare e sviluppare la coscienza scientifica tra il popolo indonesiano; 4) incoraggiare e sviluppare la comunità scientifica; 5) sviluppare la cooperazione con organismi scientifici nazionali ed internazionali nel rispetto delle leggi e dei regolamenti vigenti; 6) fornire servizi relativi alla scienza e alla tecnologia e 7) consigliare il governo sulla formulazione della politica nazionale in materia di scienza e tecnologia.
LIPI impiega 4,668 dipendenti, di cui 909 ricercatori in 18 centri di ricerca e sviluppo e un Centro di documentazione e informazione scientifica con quattro vice: Scienze sociali e umanistiche, Scienze naturali, Scienze ingegneristiche, Sviluppo delle infrastrutture scientifiche e Affari generali.
Nel settembre 2021, LIPI è stata fusa con l'Agenzia nazionale per la ricerca e l'innovazione Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN).