SCJ è stata fondata nel 1949 come "organizzazione speciale" sotto la giurisdizione del Primo Ministro, operante indipendentemente dal governo, allo scopo di promuovere e migliorare il campo della scienza e far sì che la scienza si rifletta e permea l'amministrazione, le industrie e le persone vive.
Rappresenta gli scienziati giapponesi sia a livello nazionale che internazionale con le sue due funzioni: deliberare su questioni importanti riguardanti la scienza e aiutare a risolvere tali questioni, e; Fare coordinamento tra studi scientifici per ottenere una maggiore efficienza.
Per raggiungere i suoi obiettivi, SCJ si è concentrato sulle seguenti quattro attività: raccomandazioni politiche al governo e al pubblico; attività internazionali; Promozione dell'alfabetizzazione scientifica e; Istituzione di reti tra scienziati.
Con i suoi 210 membri del Consiglio e circa 2000 membri provenienti da un'ampia gamma di campi che spaziano dalle scienze umane e sociali, alle scienze della vita, nonché alle scienze fisiche e all'ingegneria, SCJ conduce le sue attività da una prospettiva universale e da un punto di vista completo e sfaccettato per la solidità della scienza e della società umana e il benessere di tutta l'umanità.