La National Research Foundation (NRF), istituita da una legge del Parlamento nel 1999, amministra il Segretariato ISC sudafricano come parte delle sue responsabilità di collegamento scientifico. La missione della NRF è garantire la fornitura economica ed equilibrata di risorse umane e competenze nel campo della scienza, dell'ingegneria e della tecnologia attraverso il supporto della ricerca e dell'istruzione per la crescita economica e il progresso sociale della nazione.
La NRF fornisce supporto e sovvenzioni per ricerca, sviluppo di competenze, istruzione, formazione, ricerca cooperativa, borse di studio, collegamento scientifico nazionale e internazionale e amministra cinque strutture di ricerca nazionali: Themba Laboratory for Accelerator Based Sciences (ex National Accelerator Centre), SA Astronomical Osservatorio, Osservatorio di radioastronomia Hartebeesthoek, Istituto sudafricano per la biodiversità acquatica (ex Istituto di ittiologia JLB Smith) e Osservatorio magnetico di Hermanus. Per recente proclamazione ministeriale tramite avviso nella Gazzetta Ufficiale, la Fondazione per l'Istruzione, la Scienza e la Tecnologia è stata incorporata nella NRF. Le attività dell'ISC in Sudafrica sono coordinate dal Consiglio nazionale dell'ISC del Sudafrica e dai comitati nazionali, che a loro volta formulano raccomandazioni alla NRF, ad altre organizzazioni di ricerca, università, società scientifiche e dipartimenti governativi.