វិទ្យាស្ថានវិទ្យាសាស្ត្រឥណ្ឌូនេស៊ី (លីពអាយ) ត្រូវបានផ្តួចផ្តើមនៅដើមសតវត្សទី 16 ជាមួយនឹងការសិក្សាអំពី Rumphius លើរុក្ខជាតិឥណ្ឌូនេស៊ី។ នៅឆ្នាំ 1817 Reinwardt បានបង្កើត Land's Plantentuin ដែលជាសួនរុក្ខសាស្ត្រនៅ Bogor ភាគខាងត្បូងនៃទីក្រុងហ្សាកាតា។ នៅឆ្នាំ 1928 រដ្ឋាភិបាលនៃប្រទេសហូឡង់-ឥណ្ឌាបានបង្កើតក្រុមប្រឹក្សា Netherlands-Indies សម្រាប់វិទ្យាសាស្ត្រធម្មជាតិ។ ក្រុមប្រឹក្សាវិទ្យាសាស្ត្រឥណ្ឌូណេស៊ី ឬ Majelis Ilmu Pengetahuan Indonesia (MIPI) ត្រូវបានបង្កើតឡើងក្នុងឆ្នាំ 1956។ ពីរឆ្នាំក្រោយមក នៅឆ្នាំ 1967 LIPI វិទ្យាស្ថានវិទ្យាសាស្ត្រឥណ្ឌូនេស៊ីបានកាន់កាប់ភារកិច្ចរបស់ក្រុមប្រឹក្សានេះ។
LIPI រាយការណ៍ដោយផ្ទាល់ទៅកាន់ប្រធានាធិបតីនៃសាធារណរដ្ឋឥណ្ឌូនេស៊ី។ ភារកិច្ចចម្បងរបស់វាគឺដើម្បីជួយប្រធានាធិបតីក្នុងការរៀបចំការស្រាវជ្រាវ និងការអភិវឌ្ឍន៍ ផ្តល់ការណែនាំ និងសេវាកម្មផ្នែកវិទ្យាសាស្ត្រ និងបច្ចេកវិទ្យា និងផ្តល់យោបល់ដល់រដ្ឋាភិបាលលើគោលនយោបាយវិទ្យាសាស្ត្រ និងបច្ចេកវិទ្យាជាតិ។
មុខងាររបស់ LIPI គឺ៖ 1) ធ្វើការស្រាវជ្រាវ និងការអភិវឌ្ឍន៍វិទ្យាសាស្ត្រ និងបច្ចេកវិទ្យា។ 2) ផ្តល់ការណែនាំអំពីការអភិវឌ្ឍន៍វិទ្យាសាស្ត្រ និងបច្ចេកវិទ្យា។ 3) លើកទឹកចិត្តនិងអភិវឌ្ឍមនសិការវិទ្យាសាស្រ្តក្នុងចំណោមប្រជាជនឥណ្ឌូនេស៊ី; 4) លើកទឹកចិត្តនិងអភិវឌ្ឍសហគមន៍វិទ្យាសាស្រ្ត; ៥) អភិវឌ្ឍកិច្ចសហប្រតិបត្តិការជាមួយស្ថាប័នវិទ្យាសាស្ត្រជាតិ និងអន្តរជាតិ ស្របតាមច្បាប់ និងបទប្បញ្ញត្តិដែលមានស្រាប់។ ៦) ផ្តល់សេវាទាក់ទងនឹងវិទ្យាសាស្ត្រ និងបច្ចេកវិទ្យា និង ៧) ផ្តល់យោបល់ដល់រដ្ឋាភិបាលលើការបង្កើតគោលនយោបាយជាតិស្តីពីវិទ្យាសាស្ត្រ និងបច្ចេកវិទ្យា។
LIPI មានបុគ្គលិកចំនួន 4,668 នាក់ រួមទាំងអ្នកស្រាវជ្រាវ 909 នាក់នៅក្នុងមជ្ឈមណ្ឌលស្រាវជ្រាវ និងអភិវឌ្ឍន៍ចំនួន 18 និងមជ្ឈមណ្ឌលសម្រាប់ឯកសារវិទ្យាសាស្ត្រ និងព័ត៌មានដែលស្ថិតនៅក្រោមតំណាងចំនួនបួន៖ វិទ្យាសាស្ត្រសង្គម និងមនុស្សសាស្ត្រ វិទ្យាសាស្ត្រធម្មជាតិ វិទ្យាសាស្ត្រវិស្វកម្ម ការអភិវឌ្ឍន៍ហេដ្ឋារចនាសម្ព័ន្ធវិទ្យាសាស្ត្រ និងកិច្ចការទូទៅ។
នៅខែកញ្ញា ឆ្នាំ 2021 LIPI ត្រូវបានបញ្ចូលគ្នាជាមួយទីភ្នាក់ងារស្រាវជ្រាវ និងច្នៃប្រឌិតជាតិ Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN)។