A Academia Cubana de Ciências original foi fundada sob a Coroa Espanhola em 19 de maio de 1861 como a Academia Real de Ciências Médicas, Físicas e Naturais de Havana. Em 1902 a Academia manteve sua estrutura e organização, mas retirou de seu nome a palavra “Royal”, pois passou a atuar em um ambiente nacional republicano. Em 1962 foi criada uma Comissão Nacional para a Academia de Ciências de Cuba, dotada pela primeira vez de âmbito nacional. Em 1980, a Academia foi promovida ao grau de Ministério, responsável centralmente por todas as atividades de ciência e tecnologia. Em 1994, a estrutura administrativa da Academia fundiu-se com a Comissão Nacional de Meio Ambiente e Recursos Naturais e a Secretaria Executiva de Assuntos Nucleares, para formar o Ministério da Ciência, Tecnologia e Meio Ambiente.
Em abril de 1996, a Academia de Ciências de Cuba foi estabelecida por lei em seu caráter atual como uma instituição oficial do Estado cubano, com caráter independente e consultivo em matéria de ciência.
Os objetivos da Academia de Ciências são fomentar a ciência cubana, a difusão do progresso científico nacional e universal, o reconhecimento do prestígio da pesquisa científica de excelência, elevar os padrões éticos profissionais e o reconhecimento social da ciência e fortalecer os vínculos de cientistas e suas organizações, entre si, com a sociedade em geral e com o resto do mundo.
A Academia dispõe de um quadro de profissionais que apoia os Órgãos Sociais no cumprimento das suas funções. Os Académicos pertencem às Secções da Academia, que se organizam por grupos de disciplinas científicas: Ciências Biomédicas, Ciências Agrárias e Pesqueiras, Ciências Técnicas, Ciências Sociais e Humanas, Ciências Naturais e Exactas.