O Vice-Ministério da Ciência e Tecnologia (Viceministerio de Ciencia y Tecnología de El Salvador) foi criado em junho de 2009 pelo Decreto Executivo (nº 12, artigo 1º) como parte do Ministério da Educação. Foi criado para introduzir a tecnologia educacional nas escolas do país e vincular o tecnológico, científico, educacional e produtivo do país.
Sua missão é introduzir atividades de ciência, tecnologia e inovação no país, contribuindo com outras instâncias do Ministério da Educação, para capacitar profissionais para a criação e utilização do conhecimento; aprofundar a definição e elaboração da Política Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Isso é apoiado por consultas e previsões tecnológicas em conjunto com outros Ministérios, agências e plataformas institucionais nacionais; possibilitar e facilitar o desenvolvimento de pesquisas científicas, tecnológicas e de inovação que impactem positiva e significativamente na qualidade de vida da população salvadorenha.
Nesse sentido, estão sendo desenvolvidas ações voltadas à introdução da Tecnologia da Informação e Comunicação (TIC) como ferramenta no processo de ensino – aprendizagem, introdução do foco em Ciência, Tecnologia e Inovação (CTI) na educação, atenção aos alunos com excelente desempenho e formação técnica e tecnológica superior
Na área de pesquisa, em 2010, foram criados dois centros de pesquisa: o Centro de Pesquisa Científica de El Salvador (CICES) e o Centro Nacional de Ciências Sociais e Humanas (CENISCH) e o Parque Tecnológico em agronegócio (PTA, 2013) e está prevista a criação de um Parque Tecnológico em Ciências Exatas e Engenharia. Também foi constituído o Sistema Nacional de Inovação, assim como os instrumentos legais para o desenvolvimento da ciência, tecnologia e inovação: Lei de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Política Nacional de Inovação, Ciência e Tecnologia e Plano Nacional de Agenda Científica e Tecnológica. Foram criados instrumentos para a governança do CTI, como o Comitê Interministerial de Ciência, Tecnologia e Inovação, e o Conselho Consultivo do Comitê Interministerial e Comitê de Coordenação do CTI.