Fundada em 1938, a Academia de Ciências da Estônia é uma academia pessoal clássica que conta com o poder intelectual de seus membros eleitos. A Academia de Ciências da Estônia é uma associação de acadêmicos e artistas de alto nível com compromisso e responsabilidade de avançar na pesquisa e representar a ciência da Estônia nacional e internacionalmente.
A principal missão é ajudar na construção de uma sociedade baseada no conhecimento, promovendo a adaptação de novos conhecimentos para o crescimento econômico e melhoria da qualidade de vida na Estônia. A Academia não só promove a ciência de fronteira, mas também aconselha rotineiramente o Parlamento, o Governo da República e as instituições estatais.
A Academia tem o mandato de representar a ciência estoniana em conselhos e órgãos consultivos internacionais, como o International Science Council (ISC), a InterAcademy Partnership (IAP), a federação de All European Academies (ALLEA), o European Academies Science Advisory Council (EASAC) ou o European Marine Board, e atua como Bridgehead Organization da EURAXESS. A partir de 01 de julho de 2020, a Academia preside ao European Science Advisors' Forum (ESAF) e desde 1 de novembro de 2021 o Grupo de membros europeus do ISC.
A editora da Academy é a principal editora de periódicos internacionais revisados por pares na Estônia. O portfólio atual envolve uma revista exclusiva de pesquisa de xisto betuminoso e abrange todas as áreas-chave da ciência contemporânea, bem como a pesquisa que aborda o núcleo da cultura e história da Estônia.