O Instituto de Ciências da Indonésia (LIP) foi iniciado no início do século XVI, com o estudo de Rumphius sobre a flora indonésia. Em 16, Reinwardt estabeleceu o Land's Plantentuin, um jardim botânico em Bogor, ao sul de Jacarta. Em 1817, o governo das Índias Holandesas fundou o Conselho de Ciências Naturais das Índias Holandesas. O Conselho para a Ciência da Indonésia ou Majelis Ilmu Pengetahuan Indonésia (MIPI) foi fundado em 1928. Doze anos depois, em 1956, o LIPI, o Instituto de Ciências da Indonésia, assumiu a tarefa do Conselho.
A LIPI reporta diretamente ao Presidente da República da Indonésia. Suas principais tarefas são assistir o Presidente na organização de pesquisa e desenvolvimento, fornecer orientação e serviços em ciência e tecnologia e aconselhar o governo sobre a política nacional de ciência e tecnologia.
As funções do LIPI são: 1) realizar pesquisas e desenvolvimento de ciência e tecnologia; 2) orientar sobre o desenvolvimento da ciência e tecnologia; 3) encorajar e desenvolver a consciência científica entre o povo indonésio; 4) incentivar e desenvolver a comunidade científica; 5) desenvolver cooperação com órgãos científicos nacionais e internacionais de acordo com as leis e regulamentos existentes; 6) prestar serviços relacionados à ciência e tecnologia e 7) assessorar o governo na formulação da política nacional de ciência e tecnologia.
O LIPI emprega 4,668 funcionários, incluindo 909 pesquisadores em 18 centros de pesquisa e desenvolvimento e um Centro de Documentação e Informação Científica sob quatro adjuntos: Ciências Sociais e Humanas, Ciências Naturais, Ciências da Engenharia, Desenvolvimento de Infraestrutura Científica e Assuntos Gerais.
Em setembro de 2021, a LIPI foi incorporada à Agência Nacional de Pesquisa e Inovação Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN).