A SCJ foi criada em 1949 como uma “organização especial” sob a jurisdição do Primeiro-Ministro, operando independentemente do governo, com o propósito de promover e aprimorar o campo da ciência, e fazer com que a ciência seja refletida e permeada pela administração, indústrias e pessoas vidas.
Representa os cientistas do Japão tanto nacional como internacionalmente com suas duas funções: Deliberar sobre questões importantes relativas à ciência e ajudar a resolver tais questões, e; Para fazer a coordenação entre os estudos científicos para alcançar maior eficiência.
Para atingir seus objetivos, a SCJ tem se concentrado nas seguintes quatro atividades: Recomendações de políticas ao governo e ao público; Atividades internacionais; Promoção da literacia científica, e; Estabelecimento de redes entre cientistas.
Com seus 210 membros do Conselho e cerca de 2000 membros de uma ampla gama de campos que vão desde humanidades e ciências sociais, ciências da vida, bem como ciências físicas e engenharia, SCJ conduz suas atividades de uma perspectiva universal e de um ponto de vista abrangente e multifacetado para a solidez da ciência e da sociedade humana e o bem-estar de toda a humanidade.