A National Research Foundation (NRF), que foi instituída por uma Lei do Parlamento em 1999, administra o Secretariado Sul-Africano do ISC como parte de suas responsabilidades de ligação científica. A missão da NRF é garantir o fornecimento acessível e equilibrado de recursos humanos e especialização em ciência, engenharia e tecnologia por meio do apoio à pesquisa e à educação para o crescimento econômico e o avanço social da nação.
A NRF fornece apoio e subsídios para pesquisa, desenvolvimento de especialização, educação, treinamento, pesquisa cooperativa, bolsas, ligação científica nacional e internacional e administra cinco instalações nacionais de pesquisa - Themba Laboratory for Accelerator Based Sciences (anteriormente National Accelerator Centre), SA Astronomical Observatório, Hartebeesthoek Radio Astronomy Observatory, South African Institute for Aquatic Biodiversity (anteriormente JLB Smith Institute of Ichthyology) e Hermanus Magnetic Observatory. Por recente proclamação ministerial por meio de aviso no Diário do Governo, a Fundação para a Educação, Ciência e Tecnologia foi incorporada à NRF. As atividades do ISC na África do Sul são coordenadas pelo Conselho Nacional do ISC da África do Sul e Comitês Nacionais, que por sua vez fazem recomendações à NRF, outras organizações de pesquisa, universidades, sociedades científicas e departamentos governamentais.