O Conselho Nacional de Pesquisa Científica e Tecnológica (Fondo Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación – FONACIT), criado em 1967, é uma instituição autônoma com o objetivo de promover processos de inovação através do desenvolvimento de pesquisas científicas e tecnológicas e da construção de um Sistema Nacional de Inovação (SNI). Os seus programas compreendem a investigação básica e aplicada, a formação de recursos humanos, a criação e o reforço de sistemas de informação, a indução de mudanças na estrutura das relações dos agentes do INE e a promoção de ligações com o resto do mundo, a fim de favorecer a participação dos agentes do INE em programas internacionais.
O Conselho também formula a política política do Sistema Nacional de Inovação, órgão consultivo do Executivo Nacional, e coordena ações com organizações públicas e privadas em nível nacional em diferentes áreas de ciência, tecnologia e inovação.