Institutul Indonezian de Științe (LIPI) a fost inițiată la începutul secolului al XVI-lea, odată cu studiul lui Rumphius asupra florei indoneziene. În 16, Reinwardt a înființat Land’s Plantentuin, o grădină botanică în Bogor, la sud de Jakarta. În 1817, guvernul Indiilor Olandeze a fondat Consiliul pentru Științe Naturale al Indiilor Olandeze. Consiliul pentru Știința Indoneziei sau Majelis Ilmu Pengetahuan Indonesia (MIPI) a fost fondat în 1928. Douăzeci de ani mai târziu, în 1956, LIPI, Institutul Indonezian de Științe a preluat sarcina Consiliului.
LIPI raportează direct președintelui Republicii Indonezia. Sarcinile sale principale sunt de a asista președintele în organizarea cercetării și dezvoltării, de a oferi îndrumări și servicii în domeniul științei și tehnologiei și de a consilia guvernul cu privire la politica națională în domeniul științei și tehnologiei.
Funcțiile LIPI sunt: 1) efectuarea cercetării și dezvoltării științei și tehnologiei; 2) oferă îndrumări cu privire la dezvoltarea științei și tehnologiei; 3) încurajează și dezvoltă conștiința științei în rândul poporului indonezian; 4) încurajarea și dezvoltarea comunității științifice; 5) să dezvolte cooperarea cu organismele științifice naționale și internaționale în conformitate cu legile și reglementările existente; 6) să ofere servicii legate de știință și tehnologie și 7) să consilieze guvernul cu privire la formularea politicii naționale în domeniul științei și tehnologiei.
LIPI are 4,668 de angajați, inclusiv 909 de cercetători în 18 centre de cercetare și dezvoltare și un centru de documentare științifică și informații sub patru adjuncți: Științe sociale și umaniste, științe ale naturii, științe de inginerie, dezvoltare a infrastructurii științifice și afaceri generale.
În septembrie 2021, LIPI a fost fuzionată cu Agenția Națională de Cercetare și Inovare Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN).