SCJ a fost înființată în 1949 ca o „organizație specială” aflată sub jurisdicția prim-ministrului, care funcționează independent de guvern, în scopul promovării și îmbunătățirii domeniului științei și al faptului că știința se reflectă și pătrunde în administrație, industrii și oameni. vieți.
Reprezintă oamenii de știință din Japonia, atât pe plan intern, cât și pe plan internațional, cu cele două funcții ale sale: să delibereze asupra problemelor importante referitoare la știință și să ajute la rezolvarea acestor probleme și; Să realizeze coordonarea între studii științifice pentru a obține o eficiență mai mare.
Pentru a-și atinge obiectivele, SCJ s-a concentrat pe următoarele patru activități: Recomandări de politici către guvern și public; Activități internaționale; Promovarea alfabetizării științifice și; Înființarea de rețele între oamenii de știință.
Cu cei 210 membri ai Consiliului și aproximativ 2000 de membri dintr-o gamă largă de domenii care se întind pe științele umaniste și sociale, științele vieții, precum și științele fizice și inginerie, SCJ își desfășoară activitățile dintr-o perspectivă universală și un punct de vedere cuprinzător și multifacetic pentru sănătatea științei și a societății umane și bunăstarea întregii omeniri.