Fundația Națională de Cercetare (NRF), care a fost instituită printr-un act parlamentar în 1999, administrează secretariatul ISC din Africa de Sud ca parte a responsabilităților sale de legătură științifică. Misiunea NRF este de a asigura furnizarea accesibilă și echilibrată de resurse umane și expertiză în știință, inginerie și tehnologie prin sprijinul cercetării și educației pentru creșterea economică și progresul social al națiunii.
NRF oferă sprijin și subvenții pentru cercetare, dezvoltare a expertizei, educație, formare, cercetare cooperativă, burse, legătură științifică națională și internațională și administrează cinci facilități naționale de cercetare - Laboratorul Themba pentru științe bazate pe acceleratori (anterior Centrul național de accelerare), SA Astronomical Observatory, Hartebeesthoek Radio Astronomy Observatory, South African Institute for Aquatic Biodiversity (fostul Institut JLB Smith de Ichthyology) și Hermanus Magnetic Observatory. Conform reclamei ministeriale recente, prin intermediul unei notificări în Gazeta Guvernului, Fundația pentru Educație, Știință și Tehnologie a fost încorporată în NRF. Activitățile ISC din Africa de Sud sunt coordonate prin intermediul Comitetului Național ISC din Africa de Sud și al Comitetelor Naționale, care la rândul lor fac recomandări către NRF, alte organizații de cercetare, universități, societăți științifice și departamente guvernamentale.