După doctoratul în Geografie la Universitatea din Marburg (Germania), cariera lui Jan Marco Müller a inclus poziții în managementul cercetării la Centrul Helmholtz pentru Cercetare de Mediu (UFZ) din Leipzig (Germania), fostul Institut JRC pentru Mediu și Sustenabilitate (IES) în Ispra (Italia) și Centrul Regatului Unit pentru Ecologie și Hidrologie (UKCEH) din Wallingford (Marea Britanie).
După ce a fost asistent al directorului general al Centrului Comun de Cercetare al Comisiei Europene JRC la Bruxelles (2009-2012), a condus biroul primului consilier științific șef al președintelui Comisiei Europene (2012-2015) și apoi a ajutat instituirea actualului mecanism de consiliere științifică al Comisiei. 2017-2020 a lucrat pentru Institutul Internațional de Analiză a Sistemelor Aplicate (IIASA) din Viena (Austria) în calitate de coordonator pentru diplomația științifică, șef al biroului director și director interimar de operațiuni.
2020-2022 a fost primul consilier pentru știință și tehnologie al Serviciului european de acțiune externă (SEAE), înainte de a se alătura DG Cercetare și Inovare în calitate de coordonator pentru diplomația științifică și relațiile multilaterale, unde în prezent supraveghează dezvoltarea unui cadru european pentru diplomația științei. .