Индонезийский институт наук (ЛИПИ) был начат в начале 16 века, когда Румфиус изучал флору Индонезии. В 1817 году Рейнвардт основал Land's Plantentuin, ботанический сад в Богоре, к югу от Джакарты. В 1928 году правительство Нидерландов-Индии основало Совет Нидерландов-Индии по естественным наукам. Совет по науке Индонезии или Majelis Ilmu Pengetahuan Indonesia (MIPI) был основан в 1956 году. Двенадцать лет спустя, в 1967 году, LIPI, индонезийский институт наук, взял на себя задачу Совета.
LIPI подчиняется непосредственно Президенту Республики Индонезия. Его основные задачи заключаются в оказании помощи Президенту в организации исследований и разработок, в предоставлении рекомендаций и услуг в области науки и технологий, а также в консультировании правительства по национальной политике в области науки и технологий.
В функции LIPI входят: 1) проведение исследований и разработок в области науки и технологий; 2) дает рекомендации по развитию науки и технологий; 3) поощрять и развивать научное сознание среди индонезийского народа; 4) поощрять и развивать научное сообщество; 5) развивать сотрудничество с национальными и международными научными организациями в соответствии с действующими законами и постановлениями; 6) предоставляет услуги, связанные с наукой и технологиями, и 7) консультирует правительство по вопросам формулирования национальной политики в области науки и технологий.
В LIPI работает 4,668 сотрудников, в том числе 909 исследователей в 18 научно-исследовательских центрах и Центре научной документации и информации под четырьмя заместителями: социальные и гуманитарные науки, естественные науки, технические науки, развитие научной инфраструктуры и общие вопросы.
В сентябре 2021 года LIPI был объединен с Национальным агентством исследований и инноваций Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN).