Национальный исследовательский фонд (NRF), учрежденный парламентским актом в 1999 г., управляет секретариатом ISC Южной Африки в рамках своих обязанностей по связям с наукой. Миссия NRF состоит в том, чтобы обеспечить доступное и сбалансированное предоставление человеческих ресурсов и опыта в области науки, техники и технологий посредством поддержки исследований и образования для экономического роста и социального развития нации.
NRF предоставляет поддержку и гранты для исследований, развития опыта, образования, обучения, совместных исследований, стипендий, национальных и международных научных связей и управляет пятью национальными исследовательскими центрами - Лабораторией наук, основанных на ускорителях, Темба (бывший Национальный ускорительный центр), SA Astronomical. Обсерватория, Радиоастрономическая обсерватория Хартебестука, Южноафриканский институт водного биоразнообразия (бывший Институт ихтиологии им. Дж. Л. Б. Смита) и Магнитная обсерватория Хермануса. Согласно недавнему министерскому заявлению, опубликованному в «Правительственной газете», Фонд образования, науки и технологий был включен в состав НРФ. Деятельность ISC в Южной Африке координируется через Национальный совет ISC Южной Африки и национальные комитеты, которые, в свою очередь, дают рекомендации NRF, другим исследовательским организациям, университетам, научным обществам и правительственным ведомствам.