Індонезійський інститут наук (ЛІПІ) було започатковано на початку 16 століття, коли Румфіус вивчав індонезійську флору. У 1817 році Рейнвардт заснував Land's Plantentuin, ботанічний сад в Богорі, на південь від Джакарти. У 1928 р. уряд Нідерландів-Індії заснував Нідерландсько-Індську раду природничих наук. Рада з науки Індонезії або Majelis Ilmu Pengetahuan Indonesia (MIPI) була заснована в 1956 році. Дванадцять років потому, у 1967 році, LIPI, Індонезійський інститут наук, взяв на себе завдання Ради.
LIPI підпорядковується безпосередньо Президенту Республіки Індонезія. Його основними завданнями є допомога Президенту в організації досліджень і розробок, надання вказівок і послуг у сфері науки і техніки, консультування уряду щодо національної науково-технічної політики.
Функціями ЛІПІ є: 1) проведення досліджень і розробок науки і техніки; 2) надавати орієнтири щодо розвитку науки і техніки; 3) заохочувати та розвивати наукову свідомість серед індонезійського народу; 4) заохочувати та розвивати наукову спільноту; 5) розвивати співпрацю з національними та міжнародними науковими органами відповідно до чинного законодавства; 6) надає послуги, пов'язані з наукою і технікою, і 7) консультує уряд щодо формування національної політики в галузі науки і техніки.
У ЛІПІ працює 4,668 співробітників, у тому числі 909 науковців у 18 науково-дослідних центрах та Центрі наукової документації та інформації під керівництвом чотирьох заступників: суспільно-гуманітарних, природничих, інженерних наук, розвитку наукової інфраструктури та загальних питань.
У вересні 2021 року LIPI було об’єднано з Національним агентством досліджень та інновацій Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN).