Національний дослідницький фонд (NRF), заснований парламентським актом у 1999 році, керує Секретаріатом Південноафриканського ISC в рамках своїх обов'язків по зв'язку з наукою. Місія NRF полягає в тому, щоб забезпечити доступне та збалансоване забезпечення людськими ресурсами та знаннями в галузі науки, техніки та технологій через підтримку наукових досліджень та освіти для економічного зростання та соціального прогресу нації.
NRF надає підтримку та гранти на дослідження, розвиток досвіду, освіту, навчання, спільні дослідження, стипендії, національні та міжнародні наукові зв’язки та керує п’ятьма національними дослідницькими установами – Themba Laboratory for Accelerator Based Sciences (раніше National Accelerator Centre), SA Astronomical Обсерваторія, радіоастрономічна обсерваторія Hartebeesthoek, Південноафриканський інститут водного біорізноманіття (колишній Інститут іхтіології Дж.Л.Б. Сміта) і магнітна обсерваторія Hermanus. Згідно з нещодавньою заявою міністрів як повідомлення в Урядовому віснику, Фонд освіти, науки і технологій був включений до складу NRF. Діяльність ISC в Південній Африці координується через Національну раду ISC Південної Африки та національні комітети, які, у свою чергу, дають рекомендації NRF, іншим дослідницьким організаціям, університетам, науковим товариствам та державним відомствам.