国家研究基金会 (NRF) 于 1999 年根据议会法案成立，负责管理南非 ISC 秘书处，作为其科学联络职责的一部分。 NRF 的使命是通过支持研究和教育以促进国家经济增长和社会进步，确保以可负担和平衡的方式提供科学、工程和技术方面的人力资源和专业知识。
NRF 为研究、专业知识开发、教育、培训、合作研究、助学金、国家和国际科学联络提供支持和赠款，并管理五个国家研究机构——Themba 加速器科学实验室（前身为国家加速器中心）、SA 天文学天文台、Hartebeesthoek 射电天文台、南非水生生物多样性研究所（前身为 JLB 史密斯鱼类学研究所）和赫曼努斯磁力天文台。 根据最近在政府公报中发布的部长级公告，教育、科学和技术基金会并入了 NRF。 ISC 在南非的活动通过 ISC 南非国家委员会和国家委员会进行协调，后者又向 NRF、其他研究组织、大学、科学协会和政府部门提出建议。