Riiklik Uurimisfond (NRF), mis asutati parlamendi seadusega 1999. aastal, haldab Lõuna-Aafrika ISC sekretariaati osana oma teadusalase koostöö kohustustest. NRF-i missiooniks on tagada taskukohane ja tasakaalustatud inimressursi ja ekspertteadmiste tagamine teaduse, inseneriteaduse ja tehnoloogia vallas läbi teaduse ja hariduse toetamise, et edendada riigi majanduskasvu ja sotsiaalset edenemist.
NRF pakub tuge ja toetusi teadusuuringuteks, ekspertiiside arendamiseks, hariduse, koolituse, ühisuuringute, stipendiumide, riiklike ja rahvusvaheliste teadussidemete jaoks ning haldab viit riiklikku uurimisasutust – Themba Laboratory for Accelerator Based Sciences (endine National Accelerator Centre), SA Astronomical. Observatoorium, Hartebeesthoeki raadioastronoomia vaatluskeskus, Lõuna-Aafrika veekogude bioloogilise mitmekesisuse instituut (endine JLB Smithi ihtüoloogia instituut) ja Hermanuse magnetobservatoorium. Vastavalt ministri hiljutisele väljakuulutamisele, mis avaldati valitsuse teatajas, liideti Hariduse, Teaduse ja Tehnoloogia Sihtasutus NRF-iga. ISC tegevust Lõuna-Aafrikas koordineeritakse Lõuna-Aafrika Vabariigi ISC riikliku juhatuse ja riiklike komiteede kaudu, kes omakorda annavad soovitusi NRF-ile, teistele uurimisorganisatsioonidele, ülikoolidele, teadusühingutele ja valitsusasutustele.